[综合交流]这年头审稿人都对色散校正这么执着么

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这年头审稿人都对色散校正这么执着么

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发表于 Post on 2020-6-24 02:25:20

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同事的稿子，一个苯环，俩取代基——甲基和溴，就是这么简单的一个分子，优化了结构，结果审稿人说他优化结构时候没加色散校正，让他加。

他懒得跟审稿人辩论，就加了，其实结果并没有本质区别，还得费时间重新算别的，好歹是小分子，同事也没太大抱怨，最后稿子顺利通过。

最近他又投一个稿子，一个碳六元环，带一个氯，算了一下环的翻转的能量变化，结果审稿人又说他没加色散校正，让他加。

哥们儿这次真暴躁了，把别的修改建议都采纳了，就这个不听，怼回去说不用加色散。结果审稿人又怼回来了，说现在什么时代了，是个DFT都要加色散校正，加了总比不加好！

哥们儿愈加烦闷，开始怼编辑了：瞧你找的都是什么审稿人，费我时间！编辑脾气挺好，像个淘宝客服一样地劝他：还是加上色散校正吧，这年头大家都加，加了也不费多少时间啊，又可以保证计算更准确，简直空手套白狼，你就加嘛。

哥们儿还是不爽，请我们几个吃烧烤诉苦，吃到半夜了他还吃个不停，喝了好几瓶了……看来是真的气坏了……

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发表于 Post on 2020-6-24 13:45:10

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我觉得审稿人说得没错

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发表于 Post on 2020-6-28 19:39:01

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这种情况，就拿体系中少数几个结构，把加和不加D3的结构绘制个叠加图，证明当前情况加是多余的就完了

遇见无知审稿人是司空见惯的事，习惯就好

北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。

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发表于 Post on 2020-6-30 23:45:47

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感觉用pw算周期晶体加色散校正以后结果会很差，不如不加

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发表于 Post on 2020-7-7 05:18:59

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oxox6085 发表于 2020-6-30 23:45

感觉用pw算周期晶体加色散校正以后结果会很差，不如不加

这得看具体什么形式的色散校正，以及具体问题，这和PW没有直接关系

诸如算二维材料层间距、剥落能之类，对于色散作用描述不好的泛函不加色散校正是肯定没法用的

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发表于 Post on 2020-7-7 11:50:25

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sobereva 发表于 2020-7-7 05:18

这得看具体什么形式的色散校正，以及具体问题，这和PW没有直接关系

诸如算二维材料层间距、剥落能之类， ...

嗯嗯对的。

我以前主要用VASP等软件算三维晶体材料。发现一些本身PBE可以较好预测的加压相变加上D2修正以后稳定性顺序都变得不对了。

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发表于 Post on 2020-7-7 13:26:02

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oxox6085 发表于 2020-7-7 11:50

嗯嗯对的。

我以前主要用VASP等软件算三维晶体材料。发现一些本身PBE可以较好预测的加压相变加上D2修正 ...

D2本来就众所周知严重高估色散作用

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发表于 Post on 2020-7-8 03:44:53

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oxox6085 发表于 2020-7-7 11:50

嗯嗯对的。

我以前主要用VASP等软件算三维晶体材料。发现一些本身PBE可以较好预测的加压相变加上D2修正 ...

注意看最近新出的这篇文章J. Chem. Theory Comput. (2020) DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00149

DFT-D2/3绝对不是对于所有三维晶体都不适用，只是有些类型体系问题相对突出一些，上文就对一类问题做了原因的分析。而且都有了D3干嘛还用过时的D2。

D3表现也不好的情况应当尝试DFT-D4。

绝对不能把“色散校正”和DFT-D2/3划等号。DFT-D以外的色散校正方法多了去了：XDM、dDSC、TS、LRD、vdW-DF/VV10、MBD@rsSCS、uMBD、OBS、DFT-ulg

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Penson

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发表于 Post on 2020-8-9 10:59:36

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sobereva 发表于 2020-7-8 03:44

注意看最近新出的这篇文章J. Chem. Theory Comput. (2020) DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00149

DFT-D2/3绝 ...

请问社长，DFT-D4相比于D3优势在哪里？计算耗时性会大幅增加吗

努力挖掘科学的本质

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发表于 Post on 2020-8-10 05:52:44

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Penson 发表于 2020-8-9 10:59

请问社长，DFT-D4相比于D3优势在哪里？计算耗时性会大幅增加吗

DFT-D4色散校正的简介与使用

http://sobereva.com/464（http://bbs.keinsci.com/thread-12136-1-1.html）

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发表于 Post on 2020-8-11 02:53:59

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sobereva 发表于 2020-8-10 05:52

DFT-D4色散校正的简介与使用

http://sobereva.com/464（http://bbs.keinsci.com/thread-12136-1-1.html ...

好的，感谢社长

努力挖掘科学的本质

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发表于 Post on 2025-6-8 18:51:56

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sobereva 发表于 2020-7-8 03:44

注意看最近新出的这篇文章J. Chem. Theory Comput. (2020) DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00149

DFT-D2/3绝 ...

sob老师，请问CP2K能否进行XDM矫正呢？

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ljh123 发表于 2025-6-8 18:51

sob老师，请问CP2K能否进行XDM矫正呢？

不能。而且没什么用的理由

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